El Museo de Delos, como lo es hoy en día, incluye nueve áreas de exhibición. Es único por la serie de  escultura arcaica de las Cícladas y las muestras de la pintura helenística y los elementos de la vida privada.
En las dos primeras áreas de exhibición encontramos la obra de esculturas arcaicas de Naxos y Paros. Las esculturas arcaicas  se continúan en la tercera sala de exposición, que contiene principalmente obras del siglo quinto aC.
En los siguientes tres salas de exposición, podemos ver las obras de la escultura helenística, con una serie muy interesante de retratos. La séptima sala de exposición contiene las muestras de la decoración de las casas: mosaicos, murales, otros muebles, mármol, figurillas de barro y vasijas.  Finalmente, en las dos últimas salas de exposición se puede ver el desarrollo  de las figuras de la pintura de la época geométrica hasta el final del periodo arcaico.