Το Μουσείο της Δήλου, όπως είναι σήμερα, περιλαμβάνει εννέα εκθεσιακούς χώρους. Είναι μοναδικό για τη σειρά της αρχαϊκής πλαστικής των Κυκλάδων, τα δείγματα ελληνιστικής ζωγραφικής και τα θέματα της καθημερινής ζωής.

Στους δύο πρώτους εκθεσιακούς χώρους βρίσκουμε τα έργα της αρχαϊκής πλαστικής της Νάξου και της Πάρου. Η αρχαϊκή πλαστική συνεχίζεται και στην τρίτη αίθουσα, η οποία περιλαμβάνει κυρίως έργα του 5ου π.Χ. αιώνα.

Στους επόμενους τρεις εκθεσιακούς χώρους, μπορούμε να δούμε τα έργα της ελληνιστικής πλαστικής και μια πολύ ενδιαφέρουσα σειρά από πορτρέτα. Το  έβδομο εκθετήριο περιέχει δείγματα της διακόσμησης σπιτιών: ψηφιδωτά, τοιχογραφίες, έπιπλα, μαρμάρινα και πήλινα ειδώλια και αγγεία. Τέλος, κατά τις δύο τελευταίες εκθέσεις μπορούμε να δούμε την εξέλιξη της ζωγραφικής ειδώλων, από τη γεωμετρική εποχή μέχρι το τέλος της αρχαϊκής